Wystrój wnętrza
Dekoracja stiukowa, późnobarokowa, wykonana jest przez Baltazara Fontanę w 1701 r. Na sklepieniu prezbiterium umieszczono festony owocowo-liściaste, wstęgi, putta oraz dwa złocone medaliony z płaskorzeźbami, jeden z nich z przedstawieniem Św. Klary, drugi - bł. Salomei. Sklepienie absydy zostało oddzielone od pozostałej części wystroju liściastą girlandą. W miejscach oparcia (pendentywach) kopuły znajdują się złocone personifikacje czterech cnót kardynalnych. W nawach, na szwach sklepiennych, w obramieniach malowideł i na kapitelach umieszczono dekorację złożoną z girland roślinnych, pęków owoców i kwiatów, wstęg, puttów oraz symboli władzy duchownej.
Na sklepieniu pod emporą międzywieżową dekoracją są duże muszle, wstęgi i liściaste girlandy. Po bokach okien północnych i południowych wykonano płaskorzeźbione, adorujące anioły. Na sklepieniach empory w części międzywieżowej umieszczone są dwa medaliony z płaskorzeźbionymi scenami Zwiastowania i Bożego Narodzenia oraz ujęta w gałęzie palmowe tarcza z herbem Ossoria oraz literami A. E. T. X. C. S. A. (Anna Elżbieta Tyrawska, Xieni Conwentu Sancti Andreae) i data 1701.
Ołtarz główny jest przypisywany architektowi Francesco Placidi.
Jest to ołtarz późnobarokowy, z czarnego marmuru, z rzeźbami świętych Piotra i Pawła, aniołami, symbolem Opatrzności Bożej, zwieńczony godłem franciszkańskim. Obrazy pochodzą z XIX w. Jako główny obraz umieszczona jest postać św. Andrzeja Apostoła z charakterystycznym ukośnym krzyżem, narzędziem jego męki, w tle obrazu jest scena powołania go na apostoła. Powyżej, w górnej części marmurowej jest przedstawiona Najśw. Maryja Panna Niepokalanie Poczęta. Tabernakulum jest barokowe, zwieńczone półkopułą, z figurami dwóch świętych zakonnic i dwóch aniołów. Jest ozdobione na płycinach i drzwiczkach dekoracją suchego akantu, a na tychże drzwiczkach - postacie Chrystusa Ukrzyżowanego i św. Marii Magdaleny. Obecność Najświętszego Sakramentu zaznacza wieczna lampka, również w stylu późnego baroku, wisząca przed tabernakulum.
Pomysłodawcą wystroju ikonograficznego był sam ks. Piskorski, autor życiorysu bł. Salomei z 1691 r. Natomiast twórcą polichromii (fresków) był prawdopodobnie malarz Karol Dankwart, choć istnieją sugestie, iż wykonał ją Innocenti Monti. Została wykonana ok. 1702 r.
Na sklepieniu w absydzie umieszczono fresk Koronacja Matki Bożej, a w prezbiterium Apoteoza Św. Klary, bł. Salomei i św. Kingi.
W kopule umieszczono fresk Sąd Ostateczny jako tło dla późnobarokowej rzeźby Ukrzyżowanego (XVIII w.) zdj 30 sąd ost kopuła, a na łukach empory: Św. Franciszek w otoczeniu aniołów oraz Pustelnica, której zakonnik podaje Komunię św., a także Chrystus ubiczowany (na ścianie północnej) oraz Chrystus niosący krzyż (na ścianie południowej); w przestrzeni międzywieżowej na wysokości empory Apoteoza bł. Salomei, w przyziemiu Anioł trąbiący na Sąd Ostateczny.
Na ścianach empory od wschodu przedstawieni są aniołowie, którzy trzymają wstęgi z wersetami biblijnymi nawiązującymi do życia zakonnego. Na ścianach naw i pod balustradą empory sześć scen z życia bł. Salomei:
- od północy: Matka Boża z Dzieciątkiem adorowana przez Salomeę siedzącą jak dziecko na kolanach matki, Salomea ofiarowująca swoje serce Chrystusowi,
- od zachodu: Salomea modląca się, składająca śluby zakonne,
- od południa: Salomea na łożu śmierci w otoczeniu sióstr zakonnych i Przejęcie relikwii Błogosławionej przez klaryski z rąk franciszkanów.
W arkadach i gurtach międzyprzęsłowych nawy głównej umieszczono medaliony z puttami, narzędziami Męki Pańskiej oraz popiersiami świętych.
Ważne jest też w nawie głównej epitafium marmurowe Jerzego Karpińskiego, proboszcza kościoła św. Marcina, spowiednika klarysek (+1757).
Empora (balkon), która prawdopodobnie służyła niegdyś władcom do uczestnictwa w nabożeństwach i modlitwach kanoników, służy teraz siostrom jako chór zakonny, miejsce modlitwy liturgicznej i osobistej.
Powstała wtedy późnobarokowa, drewniana, ażurowa balustrada empory, zwieńczona misternymi elementami medalionów i wici roślinnych (1700 r.).
Przy południowej ścianie prezbiterium we wnęce znajduje się boczny ołtarz bł. Salomei z początku XVIII wieku, z ukrytym otworem doprowadzającym światło i z aniołkiem barokowym (1685 r.). W nawach bocznych są wykonane późnobarokowe ołtarze z obrazami przedstawiającymi Najśw. Dziewicę Maryję Niepokalanie Poczętą i św. Franciszka, umieszczone po obu stronach tęczy, oraz św. Klarę w kaplicy-wnęce przy północnym ramieniu transeptu.
Kolejne zmiany to ułożenie posadzki z marmuru dębnickiego o dekoracyjnym układzie rombowym (1726 r.) oraz portal z prezbiterium do zakrystii, wzorowanym na projekcie Andrea Pozzo.
Natomiast nowy ołtarz z czarnego marmuru z obrazem św. Andrzeja Apostoła i złoconymi posągami świętych Piotra i Pawła, przypisany jest autorstwu Franciszka Placidiego.
Ostatnią fazę wyposażenia kościoła wiąże się z wykonaniem organów. Wykonał to dla klarysek organmistrz cysters Sitarski wraz ze współpracownikami. Ornament rocaille, zastosowany w formie stolarskiej dzieła datuje je na późne lata siedemdziesiąte XVIII w. Pokrewieństwo stylowe ze stolarką chóru i prospektu organów sugeruje rękę jednego snycerza. Z tego okresu pochodzi także drewniana, częściowo złocona ambona w kształcie łodzi.
Pod koniec XVIII w. sprawiono ołtarze boczne kościoła: Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej, św. Franciszka oraz św. Klary.